La tradizione racconta che il vescovo Gaudenzio fondò il nucleo antico di questa chiesa, denominata Concilium Sanctorum, tra il 400 ed il 402 D.C. per collocarvi reliquie di Santi da lui raccolte.

La chiesa sorgeva fuori dalle mura fino al grande ampliamento del XII secolo e fu più volte ricostruita. La facciata a salienti, scandita da file di mattoni e pietra, lascia intuire la divisione interna a tre navate. Essa e parte del presbiterio conservano il sobrio aspetto quattrocentesco. Il bel portale è dei primi del Cinquecento, mentre il rosone centrale è stato sostituito da una finestra nel corso del secolo successivo. Accanto al portale si notano due archi ogivali: quello in cotto a sinistra è ciò che rimane della tomba Maggi, quello in marmo ospitava una tomba della famiglia Paitone.

La chiesa dal 1135 era officiata dai canonici lateranensi, i quali erano patrocinati dall’arcivescovo di Milano. Ciò diede per diversi secoli a San Giovanni uno status di zona franca, esente dall’applicazione di disposizioni dettate dalle autorità cittadine di Brescia.

Entrando nella chiesa si percepisce subito una serena calma ed un insolito silenzio, pur trovandosi in uno dei quartieri più antichi e vivaci di Brescia.

Le pareti chiare intervallate dai preziosi altari danno all’edificio un aspetto elegante.

La struttura di base risale al 1440- 47, con all’aggiunta nel 1509 della cappella del Santissimo Sacramento, poi modificata in stile barocco tra il 1651 ed il 1674.

L’interno è a tre navate, scandite da pilastri con capitelli a motivi floreali.

Cappella del SS. Sacramento

Si tratta dell'opera pittorica più prestigiosa qui conservata e forse la più importante in Brescia assieme al Polittico Averoldi di Tiziano nella collegiata dei Santi Nazaro e Celso. Sicuramente, comunque, è il più importante ciclo di pittura del Rinascimento bresciano. La cappella del SS. Sacramento, costruita nel 1509, rimase per lo più priva di decorazioni per circa un decennio, fino a che la Confraternita del SS. Sacramento, il 21 marzo 1521, chiamò i due importanti autori Romanino e Moretto per realizzare un ciclo pittorico di qualità unica. il "duello" artistico durò fino alla metà del secolo e il risultato fu la rappresentazione dell'interno senso dell'arte bresciana del periodo. La cappella si compone di tre nicchie, una di fondo e due laterali, sormontate da tre rispettive lunette al di sotto della volta di copertura. I dipinti del Moretto sono quelli sulla parete destra: la Raccolta della Manna, Elia confortato dall'angelo, i due evangelisti Luca e Marco, L'ultima cena nella lunetta e sei Profeti nel sottarco. Le opere del Romanino occupano invece il lato sinistro: la Resurrezione di Lazzaro, la Cena in casa del Fariseo, gli evangelisti Matteo e Giovanni, la Messa di san Gregorio nella lunetta e nuovamente sei Profeti nel sottarco. Le scene del Moretto appartengono all'Antico Testamento, mentre quelle del Romanino sono episodi del Nuovo Testamento. Nell'insieme, le varie opere sono legate fra loro da una scelta comune di fondo di tipo catechetico: si ha la rappresentazione del dialogo fra Dio e gli uomini attraverso i profeti, della testimonianza della sua esistenza grazie agli Evangelisti e di alcuni episodi centrati sul mistero eucaristico. La parete di fondo è occupata dall'altare del SS. Sacramento ospitante la preesistente Deposizione di Bernardo Zenale, anch'essa opera di notevole valore. La cornice in legno è di Stefano Lamberti, mentre la lunetta soprastante ospita un'Incoronazione della Vergine del Moretto.