La maestosa chiesa che si impone nel reticolato di angusti vicoli che caratterizza l'intero quartiere, venne edificata per soddisfare le nuove esigenze di culto dei Carmelitani che si erano insediati in città già dal 1346. Si era sempre ritenuto che la costruzione del nuovo edificio, iniziata nel 1429, fosse avvenuta parallelamente alla demolizione del vecchio, mentre recentemente si è fatta strada l'ipotesi che si debbano riconoscere le mura perimetrali della prima chiesa trecentesca nell'attuale sacrestia. I lavori, guidati almeno nella fase iniziale da Montesonus de Cremona inzignerius, terminarono solo attorno al 1470, anche se già dieci anni dopo si procedette all'allungamento della zona presbiteriale e alla costruzione del campanile a cui, nel 1499, si aggiunse la cella campanaria dalle chiare forme rinascimentali. Dal 1470 al 1482 fu costruito il chiostro maggiore, mentre il minore venne edificato nel corso del secolo successivo. Gli interventi più importanti sulla struttura originaria vennero però eseguiti nel corso dei secoli XVII e XVIII con la chiusura del rosone in facciata e l'apertura di una finestra semicircolare, la trasformazione a botte delle volte delle navate e del coro, l'apertura di nuove e più ampie finestre lungo le navate laterali, le decorazioni a stucco e gli affreschi nella navata centrale e nelle cappelle laterali. Nel 1797 il convento fu secolarizzato e tre anni dopo adibito a caserma. Questa chiesa venne persino occupata dall'Esercito durante la i Guerra Mondiale, al termine della quale si dette il via ad imponenti restauri. Una seconda campagna di interventi si effettuò dal 1974 al 1977, mentre a partire dal 1986 fino al 1994, si operò sugli affreschi del presbiterio e della navata centrale. 

Nonostante le vicende subite e i conseguenti restauri è ancora possibile riconoscere la struttura originaria che denota una continua mescolanza tra elementi tardogotici e aperture al nuovo linguaggio rinascimentale. Ciò è chiaramente visibile nella facciata a frontone spezzato, divisa in tre specchiature da lesene in cotto e pietra dove, nell'ampio portale centrale accanto alla strombatura, alla modanatura torica, ai capitelli a fascio e ai leoni stilofori, le decorazioni della fascia esterna, del pilastro che divide in due l'apertura e dell'architrave presentano elementi chiaramente classicheggianti. Parallelamente, nelle specchiature laterali, le lunghe monofore strombate e trilobate sono inquadrate da cornici in maiolica verde con un motivo rinascimentale a teste leonine e tralci vegetali. La facciata è solcata da una preziosa fascia di archetti intrecciati che si ripete lungo gli spioventi e tutto il lato orientale, sottolineando il ritmo spezzato della copertura a capanna delle singole cappelle. Queste due parti dell'edificio presentano una decorazione con slanciati pinnacoli in laterizio, richiamando il duomo di Mantova, l'abside di S. Fermo a Verona e il fianco meridionale del S. Eustorgio a Milano. L'interno a tre navate, scandite da possenti piloni con capitelli decorati, si conclude con un profondo coro. Lungo la navata orientale si aprono sette cappelle con volte a tutto sesto, eccetto la terza (cappella Averoldi) che conserva ancora l'originaria struttura a crociera, impreziosita dagli affreschi eseguiti dal Foppa nel 1477. Entrambe le navate si concludevano con due cappelle quadrate: quella di sinistra, oggi voltata a tutto sesto, è chiusa da un muro, mentre quella di destra è integra e conserva numerosi affreschi. La testimonianza più antica (1432), come attesta un'iscrizione nella fascia che la incornicia, è posta sulla parete ovest e raffigura il Miracolo di sant'Eligio. Il santo, affiancato da un cavaliere avvolto in un prezioso mantello, è curiosamente ritratto nell'atto di attaccare la zampa al cavallo indemoniato. A fianco, all'interno di una struttura marmorea, sono inserite due scene diverse: la prima con un'Annunciazione, la seconda con l'Incontro di san Francesco con un lebbroso, databili nello stesso arco di anni del precedente. Nel registro inferiore una teoria di Santi e Sante rivela, in pieno Quattrocento, soluzioni stilistiche attardate. Sulla parete di fondo, mutilata dall'apertura di una porta, è affrescato una sorta di polittico a muro raffigurante al centro la Vergine in trono col Bambino, Santa Lucia e san Cristoforo, ai lati un Santo vescovo e un'altra Madonna in trono. L'eleganza del panneggio e la delicatezza cromatica rimandano alla scuola di Bonifacio Bembo, a cui si rifanno anche le restanti raffigurazioni della parete con la mutila Trinità, la Madonna in trono con Bambino, e la Madonna del latte. La stessa paternità può essere proposta anche per una quarta Maestà affrescata nel registro superiore della parete orientale con riportata la data 1444. Essa si sovrappone ad un altro affresco lacunoso, ma di alto livello qualitativo, raffigurante San Cristoforo. L'opera dall'insolita tecnica esecutiva affine più al disegno che all'affresco vero e proprio, presenta il grande santo al centro con ai piedi un cavaliere armato. Anteriore dunque al 1444, ma posteriore al 1429 (inizio della costruzione della chiesa), rivela soluzioni miniatorie e, sia nell'elaborato panneggio che nella resa allungata delle figure, chiari rimandi all'opera di Michelino da Besozzo, di cui il nostro autore è stato uno stretto seguace.

Questa rappresentazione dell’Annunciazione è un dono di Guglielmo V duca di Baviera per i servizi offerti alla sua corte dal frate carmelitano bresciano Faustino Cattaneo. E’ del fiammingo Pieter de Witte, detto il Candido.

Si tratta di una grande pala (olio su tela, cm 400×250, firmata in basso a sinistra sulla predella dell’inginocchiatoio di Maria – P. CANDIDUS DVCIS BAVARIAE F. – ) suddivisa in due piani sovrapposti: nel piano superiore la colomba dello Spirito Santo irrompe luminosa da una nube sulla quale trova posto l’Eterno Padre benedicente, mentre ai lati un coro di angeli si dispone simmetricamente su balconate di nuvole; in quello inferiore viene rappresentato il momento dell’annuncio dell’angelo a Maria, ambientato in un interno delicatamente illuminato da una fonte di luce proveniente da destra e da un’apertura posta al termine di un corridoio centrale.

Questo è un prezioso organo barocco, costruito nel 1629-1630 da Tommaso Meiarini e montato in loco da Graziadio Antegnati III nel 1633. Lo strumento ha subito varie modifiche e aggiunte fra il XI e il XX secolo ed è stato restaurato da Armando Maccarinelli nel 1962. L'ultimo intervento è quello della ditta Mascioni (1991) che, fra le altre cose, ha ricostruito i mantici, la tastiera e la pedaliera. La consolle, del tipo a finestra, è costituita dalla tastiera di 54 tasti (con la prima ottava, da Fa (nota), senza il Fa# e il Sol#), dalla pedaliera a leggio di 18 e la registriera sulla destra.

Il Compianto sul Cristo morto

Si tratta della rappresentazione di Gesù dopo la deposizione dalla croce, circondato da diversi personaggi che ne piangono la morte.  

Nel campo della scultura il Compianto identifica un gruppo di statue a grandezza naturale disposte a semicerchio intorno alla figura di Cristo, disteso a terra e ormai segnato dal rigor mortis, per creare un effetto teatrale e favorire l'immedesimazione da parte dei fedeli.

Il compianto sul Cristo morto posto nella cappella in capo alla navata di sinistra di questa chiesa è un gruppo di dieci statue in terracotta policroma attribuibile secondo alcuni a Guido Mazzoni, detto il Paganino oppure il Modenino, ma secondo altri a un anonimo di Modena.

Il numero tradizionale dei personaggi in area padana è di nove, ma in questo caso ne è stato inserito un decimo collocato sulla sinistra e seduto, che potrebbe essere identificato con il committente dell'opera.

La cappella del Miracolo di sant'Eligio, ricca di affreschi di carattere principalmente votivo databili agli stessi anni e riconducibili soprattutto alla sfera dei Bembo.

La cappella  oggi adibita a sagrestia, sono visibili lacerti di affresco di scuola bresciana.

Questa Cappella si trova nel cortiletto cosiddetto dei Carri, costruito sul finire del Quattrocento alle spalle dell’abside della chiesa,  probabilmente eretta con funzioni cimiteriali in questo medesimo periodo per volere dei frati. 

Un porticato precede il piccolo pronao voltato a crociera che introduce all’ambiente vero e proprio, costituito da un vano quadrangolare, coperto anch’esso da una volta a crociera, che si conclude in un abside a pianta quadrangolare. In questo ristretto spazio si svolge uno dei più interessanti cicli pittorici del rinascimento bresciano.

Recentemente la critica sembra concorde nell’attribuire a Ferramola la piena autografia degli affreschi, eseguiti con buona probabilità nell’ambito del secondo decennio del XVI secolo.

Nella lunetta della parete di fondo è raffigurata una Resurrezione.  Nella parte bassa è raffigurata una Sacra Conversazione – Madonna in trono col Bambino fra i santi Giovanni Evangelista e Maria Maddalena.

Nella Parete sinistra l’Apparizione di Cristo alla Madre. 

Sulla parete destra l’Apparizione di Cristo alla Maddalena