Il Museo Diocesano è situato nel complesso conventuale di San Giuseppe e precisamente nel chiostro maggiore

Dopo il ritorno di Brescia nel dominio della Serenissima, nel 1516, Venezia, per garantire che la città non cadesse di nuovo in mano nemica, decise di intervenire drasticamente sul tessuto urbanistico della città, allargando il circuito delle mura e imponendo l’abbattimento degli edifici intorno ad esse per un raggio di un chilometro e mezzo. San Rocco, San Bernardino e Sant’Apollonio, fu la sua prima sede. Per il nuovo convento venne scelta strategicamente la cosiddetta “Curia dei Fabii”, zona assai degradata, dove i frati avevano alcune proprietà; la loro presenza avrebbe favorito l’organizzazione e la normalizzazione della vita sociale e l’allontanamento della prostituzione e delle attività illecite dal nuovo centro della città che dalla fine del Quattrocento stava assumendo una fisionomia nuova con la costruzione nella Piazza Grande (oggi Piazza della Loggia) del Palazzo del Comune e del Monte di Pietà.

La chiesa e il convento furono compiuti nell'arco di un secolo e rimasero sede dei Francescani fino al 1810, quando l’Ordine dei Minori fu abolito ed il complesso venne incamerato dal Demanio, anche se la chiesa rimase aperta al culto. Riacquistato dalla Diocesi di Brescia, passò una seconda volta tra i beni dello Stato a seguito delle cosiddette Leggi Siccardi nel 1866. Nel 1896 la chiesa di San Giuseppe, di proprietà del Demanio, tornò ad essere a disposizione del culto. Nel 1973 il chiostro maggiore fu acquistato dalla Diocesi, destinato a ospitare il Museo Diocesano. La costituzione del Museo Diocesano, ad opera del vescovo Luigi Morstabilini, risale al 1978. Lo stesso anno venivano inaugurate le prime sale nei chiostri minori del complesso di San Giuseppe su iniziativa di monsignor Angelo Pietrobelli. Solo nel 1995, dopo un lungo lavoro di recupero, il chiostro maggiore diventava sede del Museo. Il 3 febbraio 2010 il Ministero dell'Interno (5435 PD) ha concesso al Museo Diocesano di Brescia, il riconoscimento civile di Fondazione di Religione e di Culto.